建造年代：1900年，日治明治33年
位置：澎湖縣馬公市臨海路40號

明治28年(1895)日本初領臺灣，臺灣總督府於澎湖設置警察署，隔年於警察署下設有水上警察分署。明治31年(1898)廢除水上警察署，改為「水上警察官吏派出所」。於澎湖廳之警察官吏派出所中，僅水上派出所之功能不同於其他，執掌包括警備、警邏及船舶臨檢等業務。[1][3]
水上警察官吏派出所設於當時馬公港區第二棧橋(海軍碼頭)西北側，可分為三次不同外觀的建築物。第一代建築物明治33年(1900)首建；明治40年(1907)於原址前方進行小規模填海工程，重建後其設施更為完整，為第二代建物，有兩層的圓柱形觀樓，以便觀測船隻出入馬公港；因建築物的木構體不敵蟻害及氣候潮濕且緊鄰海邊，鹽害、漏雨嚴重，昭和3年(1928)規劃改建，並於昭和5年(1930)完成，為第三代建築物。[2][3]
水上警察官吏派出所西側有一防空洞，印證日治時期澎湖遭受美機轟炸的建築。昭和9年(1934)9月21日，馬公要港部舉辦全澎湖防空演習，除了官方單位之外，參與的民間團體包括防護團警察隊、愛國婦人會、篤志看護婦隊等齊集於澎湖公園，接受防毒、消毒等基本教育。並模擬敵軍於馬公市區投下燒夷彈、毒瓦斯彈、爆擊彈等，如何引導避難。這是有史可稽，澎湖第一次官民動員的防空演習，也似乎正在對未來的戰爭做準備。
昭和16年(1941)7月20日，臺灣總督府發布「簡易防空壕建築規則」，以規範人民建築防空壕及如何躲避空襲。從《臺灣日日新報》的報導，昭和16年(1941)3月12日，馬公街奉公班員奉命築造的第一回防空壕已然竣工，並在4月展開第二回的防空壕建築。
澎湖地區的防空洞建築方式大致為半地下化構築，先由地表往下挖掘1公尺的深度，再以磚塊、石頭和混凝土等材料來建構避難空間，也設有2個以上的出入口及通風口，並在上方覆蓋土堆種植草木做為掩護，因防空洞普遍興建，澎湖居民得以藉此庇護，躲避轟炸或掃射。
日治時期有警察官吏派出所者為望安本島、將軍澳、東吉嶼、大嶼四島，其他四島無設置。[8]馬公水上警察官吏派出所為水上派出所，是現存建築保存完整具歷史價值，見證澎湖警政的發展，於民國96年(2007)11月21日登錄為澎湖縣歷史建築。民國108年(2019)9月24日澎湖縣政府文化局近年積極推動古蹟活化再利用舉行「黑水溝傳奇-澎湖水師的故事」，以新數位科技呈現文化歷史脈絡再度開放民眾參觀。[1]

參考文獻:
[1] 張玉璜等人。澎湖縣「馬公水上警察官吏派出所」調查研究計畫。2005-12。
[2] 陳英俊、高啟進、林文鎮、郭金龍。2010澎湖縣文化資產手冊。2010-12。
[3] 劉淑芬等人。澎湖縣政府文化局媽宮舊城再造歷史現場。馬公水上警察官吏派出所。2020。
[4] 井原伊三太郎編撰。澎湖島大觀中文版(鄭紹裘譯)。1932/11。
[5] 陳英俊。2021澎湖縣文化資產手冊。2021/09。
[6] 酷奇思數位園。本計畫拍攝馬公水上警察官吏派出所現況。2023/09。