建造年代：1931年，日治昭和6年
位置：澎湖縣馬公市明遠路46號

澎湖憲兵隊位在馬公市「澎湖天后宮」西鄰，原址在清康熙23年(1684)將台灣澎湖收入版圖後，為澎湖水師協鎮(副將)署所在地，清法戰爭澎湖之役後改以總兵駐防澎湖，協鎮署因此在光緒15年(1889)改作為通判衙門。日治時期，被改為澎湖島憲兵分隊址，昭和6年(1931)新建L形大廳、武道廳、馬房、辦公廳、6棟宿舍，並於昭和16年(1941)在基地北側的土丘邊坡興建2座防空洞，提供憲兵及其軍屬躲避空襲之用。
民國34年(1945)國軍接收後，先將憲兵隊營區撥交澎湖防衛司令部運輸組使用，到民國47年(1958)為因應「八二三」金門砲戰的新局勢，改組為馬公港口指揮部，也增建了餐廳及形大廳後面的地下戰堡，來增加支援金門前線的運補功能，而營區北側的土丘則因為劃交給空軍防砲部隊接管，而增建了防空砲座等設施。
民國62年(1973)，澎湖縣政府將港指部北側到天后宮之間的土丘剷平，並拆除位於土丘南側的兩棟日式宿舍，來闢建民族路南段。港指部L形廳的東端因此被削去一小部分，而改用空心磚填補鄰接道路的牆體；原來位在東南角的營區大門(面向南方)也被剷除，而改在路邊開設了一座面東的大門及左右兩座哨崗。民國84年(1995)L形大廳西側的兩日式宿舍因為老舊漏而被拆除，改建為一棟兩層的鋼筋混凝土造的寢室大樓。民國89年(2000)，縣政府將港指部營區及其北側土丘一併變更地目為「社教用地」。
港指部於民國91年(2002)縣政府以「澎湖廳憲兵隊」的名稱登錄為歷史建築，營區内包括西側圍牆、L形大廳、劍道室、馬房、日式宿舍等日式房舍，及民國47年(1958)以後增建的地下戰堡、防空砲座等軍事設施都是頗具保存價值的文化資產。
澎湖縣政府文化局近年積極推動媽宮舊城區再造歷史現場計畫澎湖廳憲兵隊如今已華麗轉身為洪根深美術館，歷史建築活化再利用計畫將其逐步打造成藝文園區內包含：美術館、創作空間、典藏空間及文創商店，使用機能於固定時段開放展示、參觀，未來依機關需求，將兩棟日式宿舍作為商業使用。[2][3]

[1] 楊仁江。澎湖縣歷史建築澎湖廳憲兵隊調查研究與修復計畫。2008-06。
[2] 陳英俊。2021澎湖縣文化資產手冊。2021/09。
[3] 劉淑芬等人。澎湖縣政府文化局媽宮舊城再造歷史現場。澎湖廳憲兵隊。2020。
[4] 酷奇思數位園。本計畫拍攝澎湖廳憲兵隊現況。2023/09。